Zdravotnú dokumentáciu ako celok vedie všeobecný lekár. Ten by mal dbať na to, aby zdravotná dokumentácia „jeho“ pacienta obsahovala všetky lekárske správy a záznamy od iných lekárov, ktorí pacientovi poskytli zdravotnú starostlivosť.

Lekár, ktorý zdravotnú dokumentáciu vedie, je za ňu zodpovedný a má ju chrániť pred poškodením, stratou a zničením. Zdravotná dokumentácia nepatrí pacientovi, nie je jeho majetkom, preto lekár nemôže odovzdať pacientovi zdravotnú dokumentáciu, keď ho pacient o to požiada. Ak všeobecný lekár odosiela pacienta na vyšetrenie ku špecialistovi, zásadne by mu nemal dať do rúk celú zdravotnú dokumentáciu, ale iba výpis z nej.

Do zdravotnej dokumentácie pacienta môže nahliadať iba on sám, jeho zákonný zástupca, napríklad rodič alebo opatrovník určený súdom (nie opatrovateľ poberajúci príspevok na opatrovanie) a osoba, ktorú pacient na nahliadanie do dokumentácie splnomocnil. Ani najbližší príbuzní si nemôžu prezerať pacientovu zdravotnú dokumentáciu či žiadať od lekára informácie o jeho zdravotnom stave, pokiaľ na to nie sú pacientom splnomocnení. Po smrti pacienta môžu do jeho zdravotnej dokumentácie nahliadať manžel alebo manželka, deti, rodičia a pokiaľ pacient takýchto príbuzných nemá, aj ľudia, ktorí s ním žili v čase smrti v spoločnej domácnosti. Osoba, ktorá je oprávnená do zdravotnej dokumentácie nahliadať, si z nej vždy môže robiť aj výpisy alebo fotokópie.

Pri zmene poskytovateľa zdravotnej starostlivosti odošle pôvodný lekár dokumentáciu novému lekárovi na základe jeho vyžiadania. Pokiaľ poskytovateľ ukončí svoju činnosť, zdravotnú dokumentáciu preberie príslušný samosprávny kraj.

Od 1. januára 2018 musia byť všetky zdravotnícke zariadenia aj všetci lekári a ďalší zdravotníci zapojení do systému elektronického zdravotníctva e-zdravie. Zdravotnícki pracovníci v systéme vytvárajú zdravotné záznamy, ktoré tvoria pacientovu elektronickú zdravotnú knižku. Lekár v systéme vytvára aj recepty a odporúčania na vyšetrenia. Ak si to pacient želá, lekár mu vytlačí recept aj záznam z vyšetrenia v papierovej podobe. Pacient nemá právo žiadať, aby lekár jeho údaje do e-zdravia nevkladal. Lekár je povinný to robiť, inak by mu hrozili sankcie.